Спустя много лет, отвечу сам себе )
Дело в том, что двигатель 5.9 имеет внешнюю балансировку коленвала, в отличие от 5.2, для этого передний шкив коленвала сделан как эксцентрик , а сзади грузик либо на флекс плате или на самом бублике. В моем случае видимо должен был быть на бублике, но при его ремонте всё лишнее срезали, в итоге получился дисбаланс. Вылечил приварив в определенное место грузик к флексплате.
Вот для примера флексплаты с грузиком (от двигателя 5.9)
А вот без грузика (от 5.2)
