Для решения проблемы, надо понимать, как именно сигналка отрабатывает процедуру снятия с охраны.
Я предполагаю, что при снятии с охраны, сигналка коммутирует на землю нужный провод личинки замка. Т.е. фактически дублирует ваше действие поворота ключа.
Исходя из того, что у вас еще и закрытие ЦЗ происходит не каждый раз, я (опять же предполагаю), что при установке сигналки использовали зажимные контакты для быстрого соединения проводов. Типа таких:
По прошествии времени контакт стал нарушаться и вы имеете глюк сигналки. Замените это цветное говно на обычные человеческие скрутки и все проблемы исчезнут.