Лучший и 100% способ это отпескоструить ржавчину, покрыть кислотным грунтом , его перекрыть обычным грунтом и покрасить. Есть грунт-преобразователь ржавчины
http://app-rus.ru/pokraska/laki/375-app-r-stop.html, пользовал такой, правда машины эти больше не видел, действительно ли он так хорош - не знаю. Но лучше всего на Вашем месте как написал Паша Абакан - приехать в сервис где красили машину и предъявить претензию. Чтоб после нескольких дождей краску вспучило - это означает что в этих местах сквозные дыры завалены шпаклевкой а не заварены или запаяны. А это косяк мастеров которые машину готовили к покраске. Если конечно Вы ее готовили сами а в сервисе только облили ее краской, то конечно ехать туда бессмысленно, это не их косяк, а если все работы проводились ими, то обязаны переделать (если не было договоренности сделать за три копейки и без гарантии как делают перекупы).